1879年3月，日本政府派兵占领琉球，3月30日正式宣布琉球为冲绳县。1879年7月3日和23日，琉球国王又密令紫巾官向德宏两次赴天津拜谒李鸿章，请求清政府问罪于日本。10月24日，琉球耳目官（一品官爵）毛精长等人到北京总理衙门“长跪哀号。泣血吁请”。希望清政府能在“俯怜二百年效顺属藩”的份上援救琉球。虽然清政府与日本再次进行交涉。但由于日本的蛮横和清政府的软弱，琉球终为日本所侵占。[1]
从明太祖时期开始向琉球派遣册封使，即专门代表当时中央政府册封琉球王的使节，明清先后派出24次册封使前往琉球，琉球王只有获得朝廷的册封，才具有正统、合法的地位。描绘中国册封使，其壮观的队伍，严肃场面的卷轴《中国册封使行列图》。如今还收藏在那霸的冲绳县立博物馆。史籍中有大量有关琉球的记载，当时的日本人对琉球的了解多是从册封使所著使琉球录中得知，其中1719年清康熙年间册封使徐葆光所著《中山传信录》当时对日本影响极大。被译成日文，成为日本人了解琉球的重要资料来源。最后一次册封使册封琉球王是1866年。
在1853年美国与琉球王国签定的不平等条约时候，琉球与美国的交往和条约文本出于对中国的礼节使用了部分汉语，使用的是清朝“咸丰”年号。甲午清廷战败后，日本一直霸占琉球至1945年，后为美军占领，美国在战后长期有将琉球据为己有的意图，在当地禁用日本昭和年号。并适当引入英文书写系统。
命名
琉球群岛在元、明、清时为独立国家，其中明清时为中国的附属国。
琉球之名的来源有两种说法：其一。是“台湾”说[2]。公元6世纪中后期，隋炀帝令羽骑尉朱宽出海寻访海外异俗。行至今日与那国岛（今******西南170公里）时，见一片珍珠般的岛屿浮在海面中，“若虬龙浮在水面”，遂为其取名流虬。唐朝编纂隋书时，为避帝王龙讳，将该地更名为流求，一说流求是指台湾。至朱元璋时期，将该地美名为琉球，意为琉璃玉和珍珠球，可见其壮丽奇绝的景色。
其二，是“留求”说。日本承和二年（835）唐大和九年日本僧人真济所编的《性灵集》中称琉球为“留求”，意为人在大海中漂泊时欲求的驻留之地。读作“ryukyu”。实际上“留求”的称法和释义最早源于日本推古天皇时期（即中国的隋朝时期）的日本百济僧人。后因鉴真东渡、逗留此岛，之后“留求”，亦说为了追求而留下来。