这些尝试最后还是失败了，天皇继续在日本作为吉祥物和精神领袖存在，国家的政权掌握在号称幕府的武士首领，即将军的手中。
将军控制着日本的大权，分封自己打天下时的大将们作为各地的领主，日本国共有六十六个国，每个国的大小相当于中原的一个州郡，国主的正式官职叫作守护，又称之为大名，主管一国之军政财权，甚至连手下的官員也都是世袭的武士，类似于中国的唐朝中后期，藩镇割据，只是名义上对作为武士首领的将军给予效忠，连税都是不交的。
将军的权威也随着这种分封各地的大名们势力越来越强而被逐渐地削弱，中原的王朝每次改朝换代都是皇帝被推翻，而在东洋，天皇和那些血统高贵的公卿贵族们则是永远的吉祥物，被推翻的不过是将军而已，每次新的挑战者在推翻将军之后，为了封赏跟随自己起兵的大名们，不得不把各国的领地封给这些有功之臣，并继续给予他们免税和半独立的地位，从而造成了东洋特有的诸候林立，中央疲软的景象。
大概在一百多年前，大明刚刚建立的时候，东洋那里的足利将军因为继承权的问题，两个儿子之间爆发内战，互相拉拢各地的有力大名支持自己，而平时就矛盾重重，只是碍于将军的禁战令和调停而勉强维持和平的各地大名们一下子有了合法征战的理由，于是纷纷支持某个将军公子，与支持另一个将军公子的仇敌们作战，这就开创了日本的战国时代，这一仗打了足有一百多年，一直打到现在还没有结束，而将军也彻底成了一个傀儡，无兵无权，只能眼睁睁地看着各地大名们征战不休。
倭寇也是因为日本的战国而产生的，日本西边的九州岛上，打得也是热火朝天，由于这里在日本也相当于边远地区，民风强悍，而作为和平时期官方派驻九州岛的最高统治机关---九州探题也早已经废弃多年，百余年的征战下来，大批中下层武士因为战败而失掉土地，沦为浪人，不得已下海当海盗讨生活。
由于日本远比中原贫穷，所以这些人的眼光就盯上了中国东南沿海的富庶城镇，由于大明的禁海令也让一大批沿海的渔民和商人铤而走险，两下一拍即合，东洋武士战力凶猛，中原内贼熟悉地形，这就形成了持续多年的东南倭患。
至于这些忍者，则是日本战国时候出现的，由于各地大名征战不休，横征暴敛，因此不少村庄结村自保，并在村门口挂起“守护勿入”的木牌，以抗拒前来征税拉丁的大名部队。
日本战国时期，一个国也就中国的一个州县大小，而每个国内