两派争执不下，最终只能请万历皇帝定夺了。
万历皇帝也不想下旨“夺情”让郭致远“在官守制”，好不容易有这么个削去郭致远权力的机会怎么能让郭致远留下来继续壮大势力呢，于是下旨让南澳总兵沈有容带兵支援福建，将荷兰人从澎湖列岛赶走，不过他也没把事做绝，没有再急着确定去东蕃接替郭致远的人选，打算等沈有容和荷兰人交战的战报来了再定。
沈有容虽然曾在郭致远麾下效力，也知道郭致远的苦衷，但他向来是国家民族大义为先，自然不可能不出战，所以接到圣旨以后马上率领南澳总兵府战船六十艘，士兵六千余人，另收集了大小渔船百来艘从南澳赶往福建沿海参战！
不过沈有容也知道仅凭他手头的兵力和战船是难以打败船坚炮利的荷兰舰队的，所以来之前先给福建水师总兵俞咨皋去了信，约定时间，让俞咨皋率福建水师从厦门港出发，夹击封锁漳州出海口的荷兰舰队！
沈有容不愧是当世名将，他深知敌方和己方的优劣势，所以把约定夹击的时间定在了晚上，这样便能限制荷兰战舰的火力优势发挥。
荷兰人派了十艘战列舰封锁漳州出海口，福建水师的不堪一击也让他们麻痹大意了，根本没想到有人敢夜袭他们，到了约定的时间，沈有容军率先向荷兰人的舰队发动攻击，俞咨皋的福建水师见到火光也按照约定对荷兰人发动了夹击，荷兰人被打了个措手不及，只能仓促应战。
不过荷兰人能成为海上霸主，军事素质也是不差的，虽然被打了措手不及，但马上调整过来，利用其强大的火炮优势展开还击，这个时候令沈有容意想不到的事情发生了，俞咨皋率领的福建水师在被荷兰战列舰的火炮击沉两艘战船之后就开始溃逃，留下沈有容军独自与荷兰舰队作战！
沈有容被俞咨皋军的一战即溃气得差点吐血，不过他并没有退却，依旧指挥部下英勇作战，下令点燃搜罗来的那一百多艘渔船，充作火船向荷兰人的舰队发动“火海战术”，荷兰人见到铺天盖地蜂拥而来的一百多条“火船”也惊呆了，荷兰人在欧洲战场从未见过的这样的打法，所以一下子被打蒙了！
而且沈有容在发动夜袭时特意选的上风口，火船体积又小，荷兰人的火炮很难准确命中，“火船”如乘风之箭，直袭荷兰人的舰队，荷兰人的战列舰体积庞大，根本无法躲闪，加上火船上还有挂钩，一旦逼近敌方的战舰，火船上的敢死队士兵就会用挂钩勾住敌方的战舰，让敌方战舰无法摆脱，敢死队士兵则会跳下海里，利用良好的水