朝统治时期，土司制度得以衍生出世。
蒙古族推翻旧王朝，建立了疆域空前阔大的元朝，其下民族众多，史载“盖汉东西九千三百二里，南北一万三千三百六十八里”。
元朝为了加强对地方的统治，创立了行省制度由中央直接管辖少数地区，并且在这之前由唐宋所建立的羁縻州府也都归到各自行省的管辖范围内。
除此之外，元朝还根据各地的实际情况推行了“蒙夷参治”的方法。
中央统治者一方面派遣宗亲王室镇守少数民族地区，另一方面又广泛接纳当地的土着民族首领，并举荐其成为当地士官。
这样一来，不仅可以充分调动少数民族人民的积极性，同时还保证了中央王朝在少数民族地方的统治。
而“蒙夷参治”的治理策略就是“土官制度”的前身，在那时，元朝将全国的各类官员统一分成两大类——“土官”和“流官”。
在行省和宣慰司这两级中，主要以流官为主、土官为辅，而在路及路以下的级别则广泛举荐土官。
除此之外，元朝还给予土官一些特殊优待。只要官员们对朝廷忠诚不二，便允许他们长久统治区域，还可以世袭官职。
明朝采用“恩抚”政策，“威德兼施”，使得明朝最终赢得了少数民族的支持，达到不战而胜的效果。
当然，这么做也是有皇帝自己的思考。
明朝皇帝们长期主张“守在四夷”的治边思想，对西南地区的管理以“守”为其核心，以元为鉴，反对以西南边疆为依托实行军事扩张的做法。
这种治边思想明显受到汉唐以来传统民族思想的影响，但更多的是着眼于明朝所面临的现实情况。
明太祖就时常劝戒大臣和自己的子孙，不要对西南地区使用武力，明太祖认为“蛮夷”所在之地大都偏远荒野，远征西南劳民伤财，即使征服了也得不到太多益处。
他的这些思想，自然也被之后的子孙所接受，亦如他们为了减少军费开支，轻易就决定放弃奴儿干都司一样。
只派出官员定期前往那里进行例行巡视，却对当地不闻不问。
在奴儿干都司明军撤退之时，本就数量极少的汉人也随着明军南撤，退回到辽东地区。
不过，明朝在西南可不是一味执行土官制度的。
受明朝重点防御北方少数民族政策的影响，在西南民族地区便尽量使用怀柔之法，为的是避免激起西南少数民族的反抗，稳定西南少数民族。