赤眉军攻陷长安后，最为离奇的是，竟然是让刘玄成了漏网之鱼。要知道，之前赤眉军可是做了充分的动员，活捉刘玄者，封侯拜将、赏赐千金。并且在赤眉大军中，还布置了一批专门人员，来对付刘玄。
可以说，这次为捉拿刘玄，赤眉军可谓是布下了天罗地网，刘玄俨然是一个乳臭未干的黄毛小子，何以能够逃脱呢？
经过多次明察暗访，赤眉军最终知道，刘玄竟然在大军到来之时，就开始从北方逃脱。进入了右扶风都尉严本的地盘，躲进了高陵城。于是，樊崇大军很快就到了高陵城下，刘玄被逼无奈之下，心知大势已去，只能开城乞降，刘玄肉袒跪在长安城长乐宫台阶下，将天子玺绶奉献给赤眉皇帝刘盆子。樊崇亦依照约定，没有诛杀刘玄，而将其封为长沙王。
就在此时，赤眉军中对于樊崇等人肆意荼毒天下心怀不满，于是他们决定找到刘玄，重新拥立他为皇帝。张卬等人亦觉察到军中似乎有不稳的动向，只能向刘玄依附着的谢禄说道，若刘玄被人劫走，必定惹出祸端，不如索性抓住时机将刘玄斩杀。此时刘玄的身边，只有一个刘恭尚且算是忠心于他，谢禄闻张卬言，深觉有理。为了防止刘恭坏事，谢禄便借故把刘恭支走，然后派人命令刘玄到长安郊外去遛马。刘玄一直以为谢禄可以依附，哪里会有所防范呢。于是便欣然出了长安城，到了郊外，谢禄委派的几个跟随刘玄的士兵，便趁刘玄不备，掏出绳索将刘玄就地勒死。
东边的洛阳兵马，早就不归刘玄管辖。自此，更始政权无论是在实际上还是在名义上，都已经彻底败亡。刘玄被杀的消息很快就传到刘秀耳中，刘秀当即派人传诏西征军主将邓禹，务必获取其尸体，在邓禹的努力下，汉军最终将其尸体寻回，并将其安葬在霸陵。刘玄的妻妾和三个儿子刘歆、刘求、刘鲤都得以保全性命于乱世。刘秀安抚了他们，以彰显自己的仁义宽厚。
自刘玄一死，长安的赤眉军便没有了任何顾忌，在城中肆意妄为。建武元年（公元25年）十月，傀儡皇帝刘盆子在长乐宫大宴赤眉诸将。诸位将领本就各分派系，为了夸耀自己的功劳，不惜大呼小叫，刹那间，宫城之内乱作一团。而在长安皇城之外，平民百姓则更是过上了猪狗不如的生活，流民军四处烧杀抢掠、无恶不作，长安十里之地，是曾经无数人心向往之的所在，如今俨然一副人间地狱的景象。不久，朝堂之上，赤眉军各路将领公然争吵不休。韂尉诸葛耭在樊崇的授意下，率领甲士上殿，直接杀死百余人。神圣之地，霎时成了修罗场，尸横遍