第一卷为总论，朱厚经过认真思索后，在里面综合概述了后世部分的医学定义、基本学说和一般方法，详细讲解了“细菌”和“病毒”，着重论述了人体构造、疾病与自然环境的关系。并第一次在书中把人的疾病分为脑科、内科，神经科、胸科、妇科、外科、眼科等，分门别类地对各种疾病的起因、症状的治疗加以详细记述，对于现在的医学而言无异于是一次革命性的伟大创举。
第二卷为病理学，朱厚在书中对脑膜炎、中风，胃溃疡等常见病例的病状、病因、病理进行了较为科学的分析。特别是提出了鼠疫、肺结核、麻疹，天花等病均是由第一卷所言的病毒造成的，着重论述了致病的病毒是通过土壤、水和空气传播的，这也就是大疫形成的根本原因。
第三卷为各种发热病、流行病及疫病等病的病状，以及此书的关键—防疫。朱厚在总结了后世的防疫措施后，在书中提出了对大疫的预防和保健卫生措施，精细到建立公共厕所并按时清扫，严禁乱倒生活杂物等。
第四卷朱厚只拟定了一个“常见病症及良方录”的题目，而内容一片空白。众御医知道这是陛下留给他们，展现自己这段时间心血的地方，心中也感动不已，自己能在如此医道盛典上留下作品，足以流芳百世！
朱厚在书中主张对疾病的治疗方法，应采取养生、药物和手术三者兼施并用，养生和药物治疗在如今的大明已经颇具成效，而手术却无人敢做。无他，身体发肤受之父母啊！谁敢让人在自己身上动刀子，又有哪个医者敢给别人动刀子？
但朱厚仍旧选择将手术的相关操作步骤详细地记述在书中，至于世人会不会采纳他也不知道，他只求无愧于心！
同时他将后世大学课上自己最喜欢的人体解剖课知识洋洋洒洒地全部地写到了书中，顺便竭尽全力地认真画了一副较为清晰的人体解剖结构图，光是画这副图他都花了整整一天的时间！
因此，当三天内赶赴京城的一众名医在火急火燎地进了太医院后，一个接一个的被此书震撼到了！
“诸位，陛下的《防疫录》都看过了吧，有何想法不妨直言，陛下曾令我们相互探讨，查漏补缺！”许绅眼见众人不出声，不由出言主持道。
原本年少气盛的万密斋和李时珍对朱厚的《防疫录》是相当不看好的，所谓“术业有专攻”，况且他们多多少少听闻当今天子甚至从未习过医术，更遑论撰写医道经书？因此二人在随父入京时心里面抱着的都是结交同道好友、共同探讨医术的想法，毕竟此乃