秒，最小流量为0.1立方米/秒）、圣何塞河（sanjose，年均流量为35立方米/秒，最大流量为4000立方米/秒，最小流量为0.1立方米/秒）、阿拉佩（arapey）河[该河还有奇科（chico）河和格兰德（grand）河等小支流汇入]、代曼（dayman）河、奎圭（queguay）河、圣萨尔瓦多（sansalvador）河以及内格罗（negro）河等。右岸主要支流有：沙佩科（chapeco）河、阿瓜佩（aguapey）河和米里尼亚伊（mirinay）河等。
内格罗河是乌拉圭河最大的一条支流，发源于巴西高原南里奥格兰德州的巴热附近，河流大致向西南方向流经乌拉圭中部，在索里亚诺（soriano）附近注入乌拉圭河。河流全长800公里，流域面积7.0万平方公里，多年平均流量536立方米/秒，年均径流量169亿立方米，最大流量1.73万立方米/秒，最小流量1.o立方米/秒。其主要支流有库尼亚皮鲁河（cunapiru，年平均流量33.7立方米/秒，最大流量359立方米/秒）、塔夸伦博河（tacuarembo，年平均流量130立方米/秒，最大日平均流量4840立方米/秒，最小日平均流量0.3立方米/秒）、伊（yi）河和格兰德（grande）河等。
乌拉圭河上游为丘陵地带，河流在深切的“v”形起谷中穿行。该地区属于巴拉那沉积区（包括阿根廷、乌拉圭和巴拉圭的一部分，并包括了巴西100万平方公里的土地）。河道险滩、瀑布密布，经常出现大拐弯（有寸弯度高达270°）。中、下游河道地势较低，海拔250米左右，水流平缓。
上、中游地区为巴西最南端，属亚热带气候，夏季炎热，冬季寒冷，年平均气温为16～19c；下游属温带气候，最凉月（7月）平均气温约l0c，最暖月（1月）平均气温为23.3c。多年平均流量4600立方米/秒，最大洪峰流量37000立方米/秒，年均径流总量1451亿立方米.径流的季节性不强，510月出现大洪水的可能性较大。可道中的泥沙大部分为悬沙，且由于流域内河道两岸的表土呈粘性，悬沙浓度不很大，因此，河床淤积是很小的.年均输沙量约为1700万吨。
乌拉圭河的洪水特点是，上游坡陡，洪水最大，洪水位变化快，下游坡缓，洪泛区长时间被洪水浸泡。据统计，在1983～1990年的8次大洪水中，平均受灾城市数目达22个，平均受灾人数达8