桂军攻占广州城引发的连锁反应，远远超出人们的预计，中国的政治版图因此而发生了巨大改变，刹那间便牵动南北势力及中外各国的敏感神经和利益纠葛。
没等各方对革命党的彻底失败做出反应，段棋瑞领导的中央政府立即对潜逃的一百四十余名革命党人发出特别通缉令，其中捉拿党魁孙文的赏金竟然提升到十万大洋，而且前所未有、堂而皇之地注明不计生死。
特别通缉令一出，全国上下顿时鸡飞狗跳。
没等同情孙文一党的中外势力发出“尊重人权”等等呼吁，广州就传来了一个个充满血腥的消息：
攻入广州的桂军统帅、原广东督军莫荣新在通电全国重新履职之后，宣布进占广州的七万桂军立即展开大搜相，定将乱党余孽连根拔除，并对乱党在败局已定的情况下，丧心病狂地纵火焚烧广州十余条街道借以逃命的罪行表示强烈的愤慨。
莫荣新说到做到，七万桂军硝烟未洗便投入这一声势浩大的大搜捕行动中，仅仅三天时间，被桂军各部以“负隅顽抗”为借口“就地正法”的革命党人多达五千余人，一千多家“收容乱党余孽或为乱党经营”的大小商铺和钱庄被抄没，数以十万计的广州市民被搜捕的桂军官兵洗劫一空，城南十几条大街的烈火整整燃烧了三天时间，枪声、哀嚎声、女人的惨叫声也随之持续了三天三夜，整个广州内外如同人间地狱一般。
尽管段棋瑞、萧益民紧急致电桂系统帅陆荣廷和莫荣新，严令立即停止在广州城的大搜捕行动，约束进驻广东各地的桂军各部以减轻负面影响，但是在欧美各国特别是日本人的强烈抗议和大肆宣传下，桂军一夜之间成为中外各界一致谴责的对象。
早就对两面三刀、背叛直系的陆荣廷深感不满的段棋瑞，与萧益民通过密电反复商议之后，顺应民意，撤销了莫荣新的广东督军职务，重新启用被国民党赶出广东、目前暂居上海的前广东省长岑春煊，广东督军一职暂时由广西督军陆荣廷兼任，广东军务会办一职却给了公开脱离革命党、龟缩于东莞及惠州老巢的陈炯明。
中外各势力对段棋瑞中央政府的惩罚力度极不满意，但是段棋瑞的一系列人事任命，却得到中国民众的广泛支持，为官清廉的岑春煊早已享誉全国，而且他与段棋瑞关系良好，危难之中，德高望重的岑春煊再次被段棋瑞任命为广东省长，无疑是顺应民意的重大举措，也获得了各界典论和国内大部分政治势力一片赞扬，极大地消除了桂军大肆杀戮抢掠带来的恶劣影响。