二月中旬，杜克集结自己的后期制作团队，找来连续第三次合作的剪辑师麦克?道森，正式开启《独立日》的后期制作，按照他的预计，影片的后期制作最快也要到六月初才能完成，杜克为影片的后期开出了足足四个月的规划。
实际上，如果没有繁琐到极致的电脑CGI特效合成，杜克有信心在五月份就结束所有的后期工作，可惜特效无法省时省力，工业光魔的特效团队从去年十月份开始特效制作，除去完成了超级碗广告中的特效场景外，其他特效画面才是雏形。
影片中所有的空战场面都需要特效合成，杜克还需要将演员剪辑进特效镜头中，即使在拍摄时，模型制作部门为影片制作了3978架F-18战机、52278块碎片、3931架外星战机、1549枚导弹和22014个光球，《独立日》需要的CGI特效镜头依然接近4000个，这是一项庞大的工程。
因为要配合特效部门，杜克的后期工作只能用龟速来形容，而且他对于特效制作，总有种有力无处用的感觉。
电脑特效是相当繁琐和专业性的工作，杜克可以提出自己的要求，也能对制作出的场景指手画脚，不过让他亲自上阵，那就完全超过能力范围了。
如此一来，每天完成工作，杜克也有了充足的时间与配乐师交流配乐，本来按照他的想法。想继续聘请汉斯?季默担任《独立日》的配乐师，但德国人在《勇闯夺命岛》之后，与华特迪士尼签订了一份合约。担任了《狮子王》的配乐。
没有汉斯?季默，杜克也不会遗憾，找来了擅长歌剧式配乐的天行者音效，将《独立日》的配乐交给了曾经的合作对象。
后期制作中，杜克还时刻不忘安全问题，防火更是重中之重，跟华纳兄弟和二十世纪福克斯同时合作的好处也显现无遗。几乎没有人用非常规手段与《独立日》剧组竞争，毕竟冲动到同时招惹两大巨头的人少之又少，特别是项目还涉及到上亿美元的投资。如果用上触犯底线的手段，面对的将是时代华纳和新闻集团的怒火。
相比于《勇闯夺命岛》时发生的那么多烂事，《独立日》从筹备到拍摄再到如今的后期制作，相对都要顺利不少。
其中的原因也比较复杂。
首先就是二大巨头的合作。足以为影片保驾护航。
其次是杜克在过往两个暑期档充分证明了自己。证明他的影片在暑期档拥有强大的竞争力，如今携带制作成本1亿美元的巨制来袭，使得很多例如《阿甘正传》这样